När en oidentifierad, främmande rymdvarelse förstör tre kraftfulla klingonkryssare återvänder kapten James T Kirk (William Shatner) till den nyligen ombyggda U.S.S. Enterprise för att ta kommandot. Leonard Nimoy, DeForest Kelley och de andra från den ursprungliga, hyllade tv-serien Star Trek mobiliseras med warp-hastighet för att stoppa den främmande inkräktaren som obarmhärtigt närmar sig Jorden.